В Марине Баотич есть две площадки для переработки отходов,  в одной из которых храняться и утилизируються опасные отходы, а в другой сортируються отходы по видам- картон/бумага, нейлон, пластик, стекло и бытовые отходы. Важно отметить, что мы являемся одной из первых марин в Хорватии, в которой используеться  контейнер Avermann "Nasspresse" - специально разработанный контейнер, который предотвращает образование неприятных запахов и утечку вредных жидкостей, загрязняющих почву. У нас также есть контейнер для сбора батареек и аккумуляторов,  мы качественно  утилизируем органические отходы, собранные из ресторанов, расположенных на территории марины. Органические отходы утилизируются в компостере для получения натурального удобрения, котором затем обогащаем почву в марине. Последним новшеством вторичной переработки является пресс контейнер для макулатуры: картона, бумаги, полиэтиленовых пакетов и пленки, что позволяет сохранять поверхность площадок  аккуратной за счет уменьшения количества отходов.